1. Коноха.
В Коноху неожиданно возвращяется её ожившая легенда-Йондаме, знаменитый четвёртый Хокаге. Вместе с его появлением по деревне прошёл слух о возможном возвращение Саске. В команде №7 произошли изменения: на место покинувшего их Учихи присоединился Сай, но старые члены команды, Сакура и Наруто не смотря ни на что собираются организовать отряд, который бы помог им встретить младшего Учиху.     
Паралельно этим событиям, перед Хокаге находиться сложный выбор:присоединиться или не учавствовать в разгорающемся конфликте между Песком и Кири.
2. Ото.
Надежды Саске оправдались и он получил, на его взгляд, достаточное количество силы, научился новым техникам и усовершенствовал старые. Он намеревается покинуть Ото, надеясь всё-таки отомстить брату, после чего собираясь вернуться в родную деревню с надеждой, что его примут обратно. Но Орочимару недоволен этим, что парень просто так уйдёт от него и он вместе с Кабуто пытается любым способом оставить Учиху в Ото.
Пятерка Звука-..да, жива и готова следовать всем указаниям Орочимару.
3.Песок
Суна находиться в сложном военном положение-с одной стороны назревает конфликт из-за сложных торговых путей между Песком и Кири, с другой-Акацки всё ещё придерживаются плану сбора всехб хвостатых демонов, поэтому деревню приходиться защищать с двух сторон. Суна ищет союзников, рассчитывая на помощь Конохи.
4. Кири.
Мизукаге всеми способами пытается завладеть большей частью торговых путей Песка. Но и в самой стране Волн дела идут далеко не спокойно-появившиеся вновь Хаку и Забуза наводят свтрах и строят свою власть в ближайших от Кири городах.
5. Акацки.
Лидер (он же Пейн) не собирается отказаться от идеи захвата мира с помощью сбора всех хвостатых демонов. Его план принял новый поворот-многие пары Акацек рыщут по всем деревням в поисках новых шиноби, которые способны присоединиться к их организации. В случае отказа последних, преступники в плащах с красными облаками насильно забирают их с собой. На смену погибшего Сасори в организации появляется "хороший" мальчик Тоби. Но спустя некоторое время узнается, что Сасори жив. Оставшись живым непонятно каким образом, скорпион вернулся в организацию.